In einer 5 Gehminuten Entfernung von dem 3-Sterne-Hotel Flags Isahaya Nagasaki liegt Kinoshita Kichinojo Statue. Geschäftsreisende werden Annehmlichkeiten wie WLAN in den öffentlichen Bereichen und den Zugang zu einem Kopiergerät und einem kostenlosen drahtlosen Internetzugang zu schätzen wissen.

Turtle Tower liegt etwa 950 Meter vom Hotel entfernt, während Fujiwara Myojin Shrine in 400 Metern erreichbar ist. Zu den nahe gelegenen Sportattraktionen gehört Nagasaki Athletic Stadium (ist in einer Entfernung von 2 km vom Flags Isahaya Nagasaki). Megane Bridge, eine bekannte Sehenswürdigkeit, ist ebenfalls nicht weit entfernt vom Hotel. Für Fernreisende ist der Flughafen Nagasaki in 22 Minuten mit dem Auto zu erreichen.

Einige Zimmer sind zudem mit einem Flachbildfernseher mit Satellitenkanälen, einem privaten Safe und einer Klimaanlage ausgestattet. Außerdem stehen den Gästen eine getrennte Toilette sowie tolle Annehmlichkeiten wie ein Haartrockner und Handtücher zur Verfügung.

In der Nachbarschaft gibt es verschiedene Lokale, darunter das Restaurant Unagi Kappou Kitamikado, das nur 5 Fußminuten vom Hotel Flags Isahaya Nagasaki entfernt ist.